تشمل اتفاقية التعاون بين المكتبة والبطريركية المعالجة الكيميائية وترميم ورقمنة مجموعة من المخطوطات التي تضمها مكتبة البطريركية. وقد بدأ المشروع في أكتوبر ٢٠١٢، وامتد إلى إبريل ٢٠٢١، وأثمر عن ترميم عدد ٨٤ مخطوطًا نادرًا. وقد تم الحفاظ على السمات التاريخية والفنية للمخطوطات المرممة، من خلال اتباع المعايير الدولية في عمليات الترميم والمعالجات الكيميائية.
يهدف هذا التعاون إلى تقديم الخدمة التدريبية للعاملين بمكتبة الأزهر الشريف في مجال الترميم وعمليات الحفظ للمجموعات الخطية أو المطبوعة من مقتنياتها. وسيتم ذلك من خلال إعداد برنامج تدريبي شامل لنقل الخبرة اللازمة للعاملين بها بصورة احترافية، لعدد (٤٢) متدربًا. كما قدم متحف المخطوطات الاستشارات الفنية لإنشاء معمل كيمياء وترميم مع تقديم تصور كامل للقسمين وتحديد مسارات العمل به.
في إطار زيادة محتوى مكتبة الإسكندرية من الكتب النادرة والمجموعات الخاصة، تسلَّم قسم الكتب النادرة والمجموعات الخاصة مجموعةً من مقتنيات المهندس أنيس سراج الدين؛ وهي عبارة عن ٢٦٠ رسمًا معماريًّا عن مشروع مقبرة الأغاخان. وقد تم إدخال بيانات هذه المجموعة على قاعدة بيانات المكتبة، وكذلك المعالجة الكيميائية والترميم لها. كانت بداية المشروع في ٢٣ ديسمبر ٢٠١٣م وتم الانتهاء منه في ١٦ يونية ٢٠١٥م.
جار التنسيق والتحضير بين المكتبة والجامعة لإعادة ترميم وتوثيق ومعالجة مخطوطات أثرية نادرة ذات قيمة تراثية وتاريخية تقتنيها الجامعة؛ وذلك من خلال تشجيع الأبحاث الببليوجرافية في مجالات التراث والكتب والمخطوطات المطبوعة في شكلها الورقي والرقمي والمصغرات الفيلمية، وتطوير برامج تهدف إلى الحفاظ على المخطوطات وترميمها وتقييم التراث الببليوجرافي والوثائقي.
يقوم المشروع على معالجة وترميم مجلدات جريدة المصري بإجمالي عدد (١٩) مجلدًا متوسطًا (عدد الصفحات للمجلد ٤٠٠ صفحة) بالقطع الكبير. هذه المجلدات يرجع تاريخ أقدمها إلى أكتوبر ١٩٣٦م، وأحدثها إلى مايو ١٩٥٤م.
يهدف المشروع إلى فهرسة ورقمنة محتويات جمعية المهندسين المصرية، والتي تقدر بحوالي (٢٩٠٠) كتاب، يرجع تاريخ نشرها إلى ما قبل عام ١٩٢٣م. ودور متحف المخطوطات هو فهرسة وتصنيف المجموعة تمهيدًا لرقمنتها بالمعمل الرقمي التابع لمكتبة الإسكندرية. وقد تم استلام المجموعة في يونية ٢٠١٤م، والبدء في الفهرسة وإدخال بياناتها على قاعدة بيانات المكتبة؛ ليتسنى للمعمل الرقمي عمل مسح ضوئي لها.
تمت المعالجة الكيميائية والترميم الآلي لعدد ٣ خرائط مصرية ذات طابع تاريخي تابعة لشعبة المساحة بالقوات البحرية؛ وذلك في إطار حرصها على الحفاظ على التراث القديم والاعتزاز بتاريخنا القديم. كانت بداية المشروع في ١٤ إبريل ٢٠١٣م، وتم الانتهاء منه في ٢٣ أغسطس ٢٠١٣م.
يهدف هذا التعاون إلى المعالجة الكيميائية والترميم لعدد (٢٢٧) كتابًا نادرًا، وعدد (١٠١) بحث، وعدد (٢) مخطوط. وقد تم التعاون من خلال ثلاث مراحل؛ المرحلة الأولى في مارس ٢٠٠٨م، والمرحلة الثانية في يوليو ٢٠٠٩م، أما المرحلة الثالثة والأخيرة فكانت في أغسطس ٢٠١١م، وتم الانتهاء من التعاون في يوليو ٢٠١٢م.
ويهدف هذا المشروع إلى المعالجة الكيميائية والترميم للسجلات التاريخية الخاصة بالديوان الأميري لما أصابها من تلف، ولما لها من قيمة تاريخية لدولة الكويت؛ كخطوة أولية لترميم جميع الوثائق والسجلات الخاصة بالديوان مستقبلاً. وقد تم استلام أول سجلين يوم ٢ مارس ٢٠١٥م.