تحتوي قاعة العرض المتحفي على مجموعة نادرة من المخطوطات والكتب النادرة ، من أهمها:

تفسير القرآن، للبستي:

وهي أقدم مخطوطة بمكتبة الإسكندرية، مؤرخة بسنة 368 هـ 978 م- ، كتبت بخط كوفي. وتعد هذه المخطوطة من أهم الوثائق التي تؤرخ لتطور الكتابة العربية في القرن الرابع الهجري – العاشر الميلادي.

المدونة في فقه المالكية :

تُعد هذه المخطوطة واحدة من أنفس مقتنيات مكتبة الإسكندرية، وتتكون من أربعة أجزاء مكتوبة على الرَّقِّ، وهي من أمهات الكتب فى الفقه المالكي، برواية سحنون بن سعيد التنوخي، كتبت بخط مغربي في تواريخ مختلفة، بداية من سنة499هـ إلى سنة530 هـ .

مسالك الأبصار في ممالك الأمصار:

واحدة من أهم الموسوعات الكبرى في التراث العربي، مؤلفها: ابن فضل الله العمري، يرجع تاريخها إلى القرن العاشر الهجري – السادس عشر الميلادي، تقع في20 مجلدا. ويعرض المتحف مخطوطة الجزء الذي يتناول أنواع النباتات وخواصَّها الطبية، وهي مخطوطة نفيسة مزدانة بالصور والرسوم النباتية البديعة.

الكواكب الدرية في مدح خير البرية:

مخطوطة خزائنية بديعة من قصيدة الكواكب الدرية في مدح خير البرية، للبوصيرى، وهي من أشهر قصائد المديح النبوي. والمخطوطة ملونة الأسطر، مُذَهَّبة، مكتوبة بخط الثلث، يرجع تاريخها إلى القرن العاشر الهجري تقديرًا.

سنن ابن ماجه:

من أهم كتب الحديث النبوي، وأحد الكتب الستة المشهورة. تقع المخطوطة في مجلدين، كلاهما مزخرف ومُذَهَّب بعناية فائقة، ما يجعلها واحدةً من أجمل المخطوطات العربية في العالم.

حِكَم ومواعظ ماركوس مارتياليس مع شروح دوميتيوس كالدرينوس Domitius Calderinus Ioanni Francisco Lodovici principis Mantuani filio salutem

مجموعة قصائد ساخرة باللاتينية للشاعر الروماني الهجائي "ماركوس فاليريوس مارتياليس" (ولد بين عامي 38 و41م، وتوفي في 103م). عليها تعليقات وشروح كتبها "دوميتيوس كالديرينوس" المتوفى عام 1477 م. وهذه النسخة، وهي الطبعة العاشرة للكتاب، هي أقدم الكتب النادرة في مكتبة الإسكندرية، وطُبعت في البندقية في عام 1482م. وتتناول هذه القصائد، التي يزيد عددها على الألف، الحياةَ في روما في القرن الأول الميلادي، ومعاني الصداقة والحياة والموت. وقد أثَّرت قصائد وحِكَم "مارتياليس" إلى حدٍّ كبير في الأدب الفرنسي، والإنجليزي، والإسباني، والإيطالي.

حِلم سكيبيو المأخوذ من كتاب الجمهورية لشيشرون
Somnium Scipionis ex Ciceronis libro De republica excerptum

من أوائل المطبوعات باللغة اللاتينية (طُبع في فينيسيا عام 1492م)، ومؤلفه "أمبروسيوس ثيودوسيوس ماكروبيوس"، الفيلسوف النحويّ اللاتينيّ الذي عاش في أوائل القرن الخامس الميلادي. والكتاب شرح وتعقيب على "حلم سكيبيو"، وهو الجزء السادس والأخير من كتاب الجمهورية للفيلسوف الروماني "شيشيرون"، والذي يروي قصة الحلم الذي رآه سكيبيو أو سيبيون إيميليانوس عندما كان ضابطًا شابًا أثناء الحرب البونية الثانية (والحروب البونية هي ثلاث حروب دارت بين روما وقرطاج). وفي الحلم يرى سكيبيو أنه انتقل إلى العالم الآخر، وهناك قابل جده بالتبني، سكيبيو الإفريقي، الذي تنبأ له بمستقبله، ووصف له بعض مظاهر الحياة بعد الموت، كما استعرض باختصار بعض الأفكار الفلكية والفيثاغورية، وتناول مفاهيم الروح والفضيلة من وجهة نظر الفلسفة الرواقية.

كتاب وصف مصر
Description de l’Egypte

يُعدُّ كتاب "وصف مصر" من أهم وأشمل الكتب الموسوعية التي تتناول مصر في العصور القديمة والحديثة؛ حيث تدرس تاريخها، وفنها، وعمارتها، ومظاهر الحياة فيها، وغير ذلك مما يوجد على أرض مصر. وقد جاء هذا الكتاب نتيجة جهود أكثر من مئة وخمسين عالماً، وألفين من الفنانين والفنيين الذين رافقوا نابليون خلال الحملة الفرنسية على مصر (1798م- 1801م).

وقد بدأ ظهور أجزاء الكتاب في 1808، فيما عُرف بالطبعة الإمبراطورية أو النابليونية، التي صدرت مجلداتها في سنوات متتابعة، ثم صدرت طبعة ثانية ما بين عاميّ 1821م و1826م. في سبعة وثلاثين مجلدًا: ستة وعشرين منها للنصوص، وأحد عشر مجلدًا للَّوحات. وتُعرف هذه الطبعة باسم "طبعة بانكوك" نسبةً إلى اسم ناشرها (Panckoucke)، وهي الطبعة التي تقتنيها مكتبة الإسكندرية.