ومن بين الأنشطة التي ينظمها قسم الإرشاد المتحفي:
حيث تنظم إدارة متحف المخطوطات خلال الإجازة الصيفية وإجازة منتصف العام الدراسي، بالتعاون مع كلٍّ من مكتبة الطفل، ومكتبة النشء، والقبة السماوية، ومركز الأنشطة الفرنكوفونية – مجموعة من المحاضرات وورش العمل التراثية المتنوعة وجولات إرشادية تفصيلية بالمتحف؛ بهدف تعزيز حب المعرفة لدى الطفل وزيادة الوعي بمتحف المخطوطات ونشر تجربته محليًّا. وكذلك التعرف على المخطوطات والتراث العربي، إلى جانب تسليط الضوء على دور المتحف في خدمة المجتمع من خلال المشاركة المدنية. ويقوم المتحف حاليًّا بتطوير البرامج والأنشطة المقدمة للأطفال، التي سوف تمكنهم من التعلم بطريقة تفاعلية فريدة.
يحتفل المتحف باستمرار بالأيام العالمية الهامة على المستوى الدولي والإقليمي مثل الاحتفال باليوم العالمي للمتاحف، والاحتفال بيوم المخطوط العربي، ويوم صناعة الورق، إلى جانب الاحتفال بالسنة الدولية للضوء. وذلك من خلال العروض التقديمية والأنشطة العملية والجولات الإرشادية داخل المتحف؛ حيث يمر الزائر بتجربة مدمجة بالحيوية والمتعة والتعلم، الهدف منها هو إنشاء جيل من الأطفال والشباب مُلم بكل الأحداث والشخصيات التاريخية التي أسهمت في ازدهار العصر الذهبي للحضارة الإسلامية.
- ورش العمل التراثية للمدارس
تهدف الأنشطة الخارجية بالمدارس إلى إيصال التجربة التعليمية التفاعلية لأكبر عدد من الأطفال والطلبة، من خلال زيارة فريق العمل المتخصص للمدارس وتقديم ورش عمل تراثية، تهدف إلى تعريف الأطفال والطلبة مبادئ التراث بطرق مبسطة وشائقة، إلى جانب المشاركة في مسابقات تثقيفية تنمي لدى الطالب روح البحث والاستكشاف.
في إطار النشاط الثقافي يقدم فريق العمل بمتحف المخطوطات مجموعة من المحاضرات عن علم المتاحف والإدارة المتحفية وتاريخ المتاحف؛ وذلك بهدف تعريف الشباب أهمية المتاحف ودورها في تنمية المجتمع، بالإضافة إلى التعرف على أحدث أساليب العرض المتحفي. فقد قام فريق العمل بقسم الإرشاد المتحفي بتقديم مجموعة من المحاضرات لطلبة معهد أبو قير قسم ترميم، وذلك في إطار التعاون بين متحف المخطوطات ومعهد أبو قير.
يقوم قسم الإرشاد المتحفي بإقامة مجموعة من المعارض المؤقتة؛ بهدف تسليط الضوء على محتويات المتحف، والتعرف على المخطوطات والكتب النادرة بصورة عامة، وتنمية النواحي الذوقية لدى الزائر، إلى جانب إبراز الدور التربوي والفني والتثقيفي للمتاحف، وكذلك تنظيم معارض مشتركة مع مؤسسات أخرى.
ومن بين هذه المعارض:
- معرض «صفحات من السماء» عام 2009م، الذي قدم مؤلفات مميزة لبعضٍ من أهم علماء الفلك الأوروبيين، واحتوى على كتاب جاليليو «الرسالة الفلكية» الذي يشكل ثورة علمية في علم الفلك. تم تنظيم هذا المعرض بالتعاون مع السفارة الإيطالية، وذلك في إطار عام العلم المصري الإيطالي للعلوم.
- المعرض المؤقت لمؤتمر «قناة السويس: ماضٍ مجيد ومستقبل واعد» عام 2014م، الذي أقيم بمناسبة مرور 145 عامًا على افتتاح قناة السويس. وقد جاء بالتعاون مع مركز الأنشطة الفرنكوفونية؛ حيث تم خلاله عرض مجموعة من الوثائق والكتب النادرة عن قناة السويس، وعلى رأسها كتاب رحلة الملوك لافتتاح قناة السويس.
تقدم إدارة متحف المخطوطات مجموعة من الأنشطة الفنية، كنوع من التجديد والإبداع وإبراز الدور التربوي والفني والتثقيفي للمتاحف. فقد قام بتقديم مسرحية بعنوان «ما تيجي نلعب» بالتعاون مع مكتبة الطفل بالمكتبة، تعرف الأطفال من خلالها على أهم إنجازات العلماء المسلمين أمثال: ابن النفيس، وابن الهيثم، وعباس بن فرناس، وابن سينا؛ وذلك في سياق درامي شائق وبسيط يقوم بتقديمه مجموعة من الأطفال المدربين.