تنتشر الميكروبات في جميع البيئات، وتعتبر المكتبة وسطًا جيدًا لأنواع مختلفة من الميكروبات التي تنتقل عن طريق الزائرين والموظفين إلى الوثائق والعكس صحيح؛ مما يؤدي إلى إصابة المواد التاريخية ميكروبيًّا ويؤدي أيضا إلى مخاطر صحية للزائرين والموظفين بالمكتبة؛ فتسبب لهم العديد من الأمراض الحساسية والإصابات الفطرية والتسمم.
يهيئ المناخ المصري ظروفًا بيئية مناسبة لنمو مدًى واسع من الفطريات والبكتيريا المحللة للسليلوز بسبب الرطوبة النسبية ودرجة الحرارة العالية. ولذلك تعرُّض الكتب والمخطوطات لتلك الظروف يؤدي في أغلب الأحيان إلى الإصابة الميكروبية.